Если я запущу два теста параллельно - A vs C1 и B vs C2, где С1, С2 - собранные по одинаковой процедуре контроли, почему тут мы не говорим, что возникает множественное сравнение?

Тут ключевое - смотрите ли вы результаты тестов независимо, или ищете выигравшего по принципу "хотя бы один из ... сработал".