Случай в аэропорту Ларнаки: два валидных паспорта РФ, в одном виза в юк, куда лечу, второй более "старый", с ним подавался на пластик, ну и последний раз прилетал на Кипр по нему. Сотрудница погранконтроля отказалась ставить выездной штамп в "новый", сказав, что нужно давать тот же паспорт, по которому влетал, иначе "система не поймет, как я появился на Кипре" Это норма или это какая-то инициатива отдельно взятого сотрудника?

Так ей проще, не надо в систему новый паспорт вбивать.

что по этому чату, что по cylaw, читал, что давали как хотели паспорта и все штамповали

Когда потерян основной паспорт или он на визе лежит, то можно понять. А так зачем усложнять? На обратном прилете можете влететь по "новому", если его срок длиннее, и тогда произведут замену паспорта в системе.