При заказе товара из Греции на Кипрскую компанию, получаю такое сообщение: Price has changed according to intra-community transactions (without VAT). Соответственно цена -19%. Я его потом доплачу?

так вы же на компанию заказываете ничего доплачивать не придётся

Бухгалтерия должна подать отчёт VIES (vat reverse charge), если признаёт что это для бизнеса покупка.