Подскажи пожалуйста: 3rd country nationality паспортный контроль в Ларнаки проходят как и раньше через пограничников или поставили эти модные биометрические автоматы?

Также. Но иногда просят еще и в автомате отметиться.

А очереди сейчас большие? Реально за 2 часа на другой рейс сесть? (Забрать багаж, сдать багаж, 2 раза паспортный контроль пройти)

Купить фасттрек в обе стороны и точно успеете. Очереди очень по разному.

Если вы про вылет, сначала автомат, потом отдаете бумажку пограничнику и он ставит штамп. Пограничник стоит отдельно, не в окошке, проходите его очень быстро. И отличное решение купить фасттрек. Если оплатить заранее онлайн, обойдется гораздо дешевле, чем на месте.