Всем привет) Подскажите, а если загранпаспорт выдан в «Посольство россии, Кипр» — какую страну выбирать в поле issued by при покупке авиабилетов?

Russia

Где вы такое в паспорте вычитали? Там написано МИД РФ. От Кипра только код КОНСУЛЬСКОГО отдела на Кипре-357. Конечно, вам его Россия выдала.