Всем привет! Вопрос - если два загранника РФ, к одному привязано ВНЖ Кипра, но этот загранник будет на оформлении визы, а вылет/прилет на Кипр будет с другим паспортом, это ок? Не возникнет проблем на границе?

Не должно. Но пограничник в системе может изменить тот паспорт на этот.