Добрый день! Подскажите,пожалуйста, насколько это нормально, если работнику (на bcs визе) перечисляется з/п со счета не кипрской компании-работодатель, а другой (некипрской)? Это может как-то негативно повлиять на статус компании как Bcs работодателя? Или на работника?

Главное что-бы налоги за вас платили как надо, кто там платёжный агент - не так важно.

И у работодателя не будет проблем с продлением их bcs статуса?

Не должно быть. Никто не следит как оплачивают з-ту