У меня была такая ситуация и это обнаружилось на вылете из Кипра. В системе своей они, к сожалению, ничего не видят. Просто отображается, что пермит аннулирован. Надо взять с собой вашу копию письма о натурализации и чек и потом, если по возвращении ваш пермит уже аннулирован, то вам смогут сделать visa on arrival. Но это займет какое-то время ожидания. Стоимость в зависимости от вашего паспорта. Пермит потом они изымут, но он больше и не понадобится 🙂