Подскажите, пожалуйста, я правильно понимаю, что для фаст- трек отсутствие на Кипре до 90 дней не считается отсутствием и эти дни дополнительно "доживать" перед подачей не нужно?

да, не нужно.
хороший пример подсчета есть тут https://t.me/cylaw/344517

Кто то уже получил паспорт с фактическим количеством прожитых на Кипре перед подачей дней, меньшим 1825 для А2 или 1460 для B1? Отзовитесь пожалуйста!