Если по fast track будет отказ из-за количества дней - пошлина 5.000 евро возвращается?

нет

Не возвращается только в случае недостатка дней или во всех случаях?

Ни в каком случае

не возвращается ни при каких обстоятельствах

если совсем коротко 5000 это государственная пошлина за рассмотрение поданного пакета документов от кандидата на гражданство. в любом случае государство услугу оказалось, документы рассмотрело, поэтому возврат не предусмотрен.