Вот вопрос, по идее трудовой договор должен быть оформлен налоговыми марками. Но вот нужны ли они, если потом происходит смена должности с увеличением зарплаты? При этом срок договора остаётся тот же, а фактически меньше, так как дополнение подписывается на середине срока основного договора..

Сумма контракта увеличивается на разницу в зп помноженную на оставшийся период действия. На эту сумму нужно доклеить марки. В налоговую принесёте доп. соглашение - они всё посчитают. Только закладывайте на это пару недель, у них допники могут долго штамповаться.