Подскажите, пожалуйста, если заехать на кипр через север у них автоматически включается счетчик 90 дней, даже если ты пробыл всего один -два дня. Если после этого залетать нормально через ларнаку, то опять «включаются» 90 дней или пребывание с севера идет в зачет?

У кого у них? Влетать на север незаконно.

У служб паспортного контроля

Республики Кипр или ТРСК?

Если вы планируете как-то легализоваться на Кипре - не пользуйтесь севером совсем. Так делают "туристы" которым пофиг на внж/пмж.