Скажите пожалуйста, где можно точно проверить как считаются дни проведенные на Кипре для миграционных целей, а именно день отлета/прилета? Как один или не считаются вообще?

День вылета - не был на Кипре. День прилета - был на Кипре.

А можете ли подсказать официальный источник, где глянуть?

Поищите поиском. Не раз тут было