Добрый день! Подскажите, пожалуйста, если юр.лицо купит авто на Кипре НДС в любом случае платится? или как в некоторых странах ЕС, в случае использования авто в бизнес целях (напр., сдача в аренду) НДС при покупке не платится?

в любом случае платится (но если у вас есть ндс от клиентов, он пойдёт в зачёт)

Платится всегда, но в зависимости от использования можно зачест или нет. Если аренда на "красных номерах" - можно НДС зачесть / вернуть.