Насколько понял, если на руках 2 загранпаспорта, вылетать/прилетать нужно по паспорту привязанному к ARC. У меня ситуация когда на втором, не привязанном, шенгенская виза. Как тут правильно поступить? зарегистрироваться в авиакомпании на новый, а пограничнику подать старый? Он посадочный с паспортом не будет матчить?

Из опыта По любому Им пофиг

Именно так. Не будет