Добрый день. Подскажите, если мой сотрудник получил рабочую визу на 3 года. И каждый год отсутствует на острове 5-6 месяцев в году из-за командировок. Я правильно понимаю, что единственный риск - это то, что ее не продлят через 3 года? Ну то есть до конца действия раб визы ее никто не сможет аннулировать.

Могут аннулировать очень легко, если он будет отсутствовать более 90 дней подряд на Кипре.

Нельзя покидать Кипр более чем на 90 дней подряд. С большой долей вероятности это может привести к отмене ВНЖ. Про это написано и на сайте мигрейшена и на Ресипте, который выдают при оплате во время подачи документов на ВНЖ.

А если в течении года он будет отсутствовать суммарно 5-6 мес, но менее 90 дней на время поездки?

Таких ограничений нет.