Нельзя покидать Кипр более чем на 90 дней подряд. С большой долей вероятности это может привести к отмене вашего ВНЖ. Про это написано и на сайте мигрейшена и на Ресипте, который вы получили при оплате во время подачи документов на ВНЖ.