Добрый вечер! Подскажите, пожалуйста, человек имеет два паспорта: американский и российский с визой Кипра. Может ли он в таком случае находиться сначала 90 дней по американскому паспорту, затем вылететь и влететь уже по российскому и снова находиться 90 дней?

Не может. Въезжает не паспорт, а человек.

И еще вопрос: по окончанию действия пин-слипа, мы выезжаем, и можем ли мы въехать уже по визе и находиться также плюсом 90 дней?

кажется надо выхать и заехать