Я вот только из чтения не понял - а все выставляют счета за услуги с НДС или только Self-Employed (которыми не все могут и хотят быть)

Только те кто оказывают услуги на Кипре... Опять серая зона. Но зарегистрированые self-employed 100% должны, они по умолчанию работают на Кипре.

По-моему выставлять должны все, кто зарегистрирован как business / self-employed (с сертификатом из Social Insurance). все остальные (кто работает как natural person, например, по рабочей визе живя на Кипре, но консультируя в другие страны ЕС, оплачивая с этого GHS & income tax) по идее тоже должны, но для этого нет легального механизма - или прямого запрета. Вот и получается серая зона, я так понимаю.