Надо один раз "попробовать" выехать по новому паспорту. Тогда попросят показать старый, после их объединят в системе и можно будет пользоваться любым, главное чтобы въезд и выезд были по одному и тому же.

небось есть и более "цивилизованный" путь? ну типа заранее уведомить мигрейшен?