Лечу из Бухареста на Кипр через Грецию транзитом, имеется кипрская рабочая виза. Нужна ли мне греческая (шенген) виза для этого ?

Если Вы летите единым билетом — то не нужна.

Если не проходите таможню, то не нужна. Бывает, что в один билет собраны перелёты, где надо или не надо её проходить. Если багаж не получаете, то точно все хорошо. Если получаете, то может быть по-разному.