Подскажите плз, если визитору приходит зарплата на долларовый счет в BOC из-за рубежа, при этом вычитаются комиссии ~11 долларов и 35 долларов, какую сумму учитывать в налоговой базе Income tax: до вычета комиссий или после?

Считайте не приход, а заработок...

т.е. до вычета всех комиссий - то, что прописанно в контракте?

Да. Налоги платите с вашего мирового дохода, а не с прихода на счёт в кипрском банке.