А можно ли слетать в Турцию с Кипра Туда-обратно Ларнака-Стамбул с пересадкой через Афины без действующего шенгена? Вроде у них есть транзитная зона, где шенген не нужен?

можно, если билеты одной ак и одной бронью

Если совсем просто, то можно - если купить единый билет на сайте Aegean - часть может выполнятся Turkish Airlines но это не проблема.