Добрый день, что если получил визу словакии но отправляешься в другую страну, могут ли быть из за этого проблемы или желательно сделать перелёт через Словакию чтоб получить штамп?

Конечно лучше через Словакию или через любую Шенгенскую но в Словакию - если хотите ещё визы у них получать.