должны были улететь сегодгя в 00:01, в итоге улетаем завтра возможно в 17:00

Блин. Вот подстава же. Слушайте, ну варианта 2. Первый - молчите на контроле в Ларнаке, просто напишите пусть Мск-Ереван-Кипр. Не спросят- супер. Если спросят и знают про рейс, скажите, что из самолета четко в отель и обратно. У животного никаких контактов ни с кем не было, на улице не был. В отеле сидел в манеже/ загоне)