Да, при брони билета там спец пункт с животным - это то, что вам нужно) там добавляете, оплачиваете и спокойно летите

А у них места заранее можно выбрать?

У Aegean можно сразу на сайте добавить животное и у нас на тарифе ComfortFlex можно было сразу выбрать места (с животными только у окна). У них еще здорово, что можно на одного человека одного животного в салон, а второго в багаж. Мы так летели с кошкой и собакой (пёс 15 кг, поэтому без вариантов багаж был).