Ок. Как сотрудник ветконтроля узнает соответствует моя вакцина требованиям законодательных актов ЕС или нет?

Это его работа. Даже если теоретически ему что-то не понравится - отправят на домашний карантин на Кипре.

На сайте министерства сельского хозяйства Кипра есть ссылка на перечень вакцин от бешенства, зарегистрированных на Кипре. Вот ссылка на перечень:
http://www.moa.gov.cy/moa/vs/vs.nsf/All/8D804308CC0C5689C2257DB2002E6749/$file/registered%20rabies%20vaccines%2015102015.pdf

Уже много раз писали, что это список вакцин, которыми колют на Кипре, это совсем не означает, что с другой вакциной не из этого списка будут проблемы, я двух котов привез - оба были привиты не вакциной из этого списка.