Подскажите, пожалуйста, на 1 пассажира можно ведь 2 собаки? И учитывая, что он не владелец, то прописываем в паспортах и сертификатах второго владельца?

Обычно можно. Надо в а/к ещё уточнить. Прописывается фамилия, верно

Да, можно. Мы так и делали как вы описали. Второго владельца дописали в паспорт