Хотя мне не совсем понятно в чем принципиальная разница между прозрачным составом и составом с пигментом

ну если совсем упростить varnish - это всё- таки больше про защиту поверхности, а краска про внешний вид. Бывает как varnish с оттенками, так и краска с повышенной защитой. Но разница в случае с нержей принципиальна, varnish для неё не создаёт слоя поверх, он работает вместе с натуральным защитным слоем самой нержи. Вот из мануала Owatrol подчёркнуто.