Но там явно пахнет апселлом на "давайте мы вам крышу переложим"

Думаю их апселл ограничится «вся ваша крыша говно плохая, давайте ее всю просверлим и зальем под давлением»:)
Залить мастикой - думаю что только временное решение, на сколько хватит (и поможет ли вообще) - непонятно, но если она стоит недорого - то можно вполне попробовать. Но. Если вы планируете всю мембрану перекладывать - то будет очень обидно ее на следующий год опять расковыривать.

Да по идее планируем только вот этот кусок закрыть снова и все, спасибо) если придется отдирать, так опять же только его