подскажите, если на сайте есть email нотификации (не маркетинговая рассылка), и нет возможности эти нотификации отключить, это плохо с точки зрения GDPR?

gdpr это про сбор персональных данных, а не про нотификации

Если есть законное основание, то норм. Например получили согласие (но тогда его должна быть возможность отозвать), или нужно для исполнения договора (в т.ч. оферты), или если легитимный интерес (но тогда он должен быть четко скоммуницирован и должно быть объяснено, как можно возразить), или есть требование закона