А еще иногда у иконок не всегда сделан Flatten (многие забывают об этом, например, с треугольными элементами) или Outline stroke - это тоже может влиять, а в слоях можно не заметить чисто визуально

Помогло, некоторые иконки были сделаны через stroke, некоторые через fill

кайф! рекомендую для иконок сделать себе скрипт в плагине Automator (вообще один из самых полезных плагинов, на мой взгляд), чтобы выделил и по одному щелчку все иконки плагин "выровнял": убрал аутлайны, свел слои, выравнял как надо и везде Scale сделал, имена одинаковые поставил. Разбираться полчаса - профит на всю оставшуюся жизнь 😎 Правда надо сначала оттестить на парочке, чтобы не выстрелить себе же в ногу...