Здравствуйте привез свою машину с салонников в лимассол на грузовом пароме под растаможку были документы, машина на номерах Франции, потом не растамаживал выехал через север и потом через Турцию уехал на ней в Европу, не может ли быть каких то проблем так как для юга машина далее на острове и не поставлена на учёт кипра

Я бы больше переживал за потенциальный бан на въезд в ЕС, т.к. выезд с оккупированной части в турецкую часть для неграждан ЕС - нарушение визового режима.

Я потом с Турции вернулся оставил машину там и с ларнаки вылетел в Турцию через Грецию на втором паспорте

Тогда по идее о вас должны вспомнить через 6 месяцев, т.к. авто из ЕС, ввезенное для личного пользования с декларацией T2L может находиться на Кипре до полугода без необходимости перерегистрации.