Подскажите, при наличии кипрского work permit (пластика), можно лететь транзитом через Афины без Шенгена и посещать Болгарию без визы?

Болгария без визы - да, но на транзит через Афины наличие work permit никак не влияет. Зависит от авиакомпании - будет ли у вас транзитный билет или нет

Лететь можно с единым билетом тех же Aegean Без Шенгена. В Болгарию также можно. Но только с пластиком