Здравствуйте! Кто-то может сказать, в случае продления/ подачи на внж для кипрской миграционки значение имеет отметка в загране о приезде/выезде с Кипра, а не отметка о выезде из РФ?

В идеале вы должны оформить пластик на тот паспорт, по которому заехали на Кипр.