мск - стамбул = Pegasus стамбул - Афины = pegasus Афины - Ларнака = Aegean

Уточняйте у а/к или у тех.поддержки сайта, с которого покупаете билеты. Может быть так что, билет единый и транзит возможен, обычно так бывает когда одна авиакомпания. Но бывает так, что у разных а/к есть соглашения, по которым вам выдают единый билет.

Мск-Стамбул-Афины точно единый билет с транзитом, так как одна а/к. А дальнейшей сигмент, опять же, уточняйте

Вам нужен Шенген. Разные а/к в Афинах. Только с Aegean можно транзитом