Улетев, через оккупированную территорию, по закону миграционки вы будете находится на территории РК и "просрочите свое пребывание на острове", что сулит не очень хорошими последствиями для вас в дальнейшем :)

кроме того, штампы в вашем паспорте будут свидетельствовать о нарушении кипрского законодательства, запрещающего выезд и въезд через оккупированную территорию