Добрый вечер. Скажите пожалуйста будут ли сложности с получением визы если в паспорте стоит отметка о прилете на Кипр, а о вылете нет.

подайте и узнаете. Если вы законно покинули Кипр через аэропорты Ларнаки и Пафоса, но печать не поставили по какой-то причине, то проблем нет

Либо поставили печать, но вы никуда не уехали)))