А при одной пересадке в Афинах 6ч достаточно про визы? Или нужно шенген делать

Провиза только на прямой перелёт. Никаких пересадок

У вас бардак в голове, извините. Правила прямого перелёта действуют только при заезде на Кипр по про-визе. Выезжать из Кипра можно куда-угодно, вы уже за пределами страны.