Скажите, пожалуйста, если поездка Кипр-Москва-Кипр осуществляется транзитом через Австрию (Вена), есть ли какие-то отличия в правилах/требованиях по сравнению с прямыми перелетами?

Только "визовые" и карантинные вопросы. Не должно быть визовых проблем и транзит без "выхода"

по провизе так нельзя, только прямые