Подскажите, если я получу визу на Кипр, вдруг передумаю и сначала решу полететь в Турцию, а потом из Москвы на Кипр. Как это может сказаться на мои перелеты?

Никак, если вы не захотите вдруг из Турции в ТРСК

вы можете слетать куда хотите. вы свободный человек. можете даже в зимбабве.