Подскажите, пожалуйста, посадят ли на самолет Пафос - Каунас для транзита в Калининград с паспортом РФ + Шенген + внж Кипра?

... не применяется к тем гражданам Российской Федерации, которые соответствуют условиям въезда, установленным в Шенгенском кодексе о границах, И хотя бы одному из следующих условий:
1) является обладателем вида на жительство, выданного одним из государств Шенгенского соглашения или государством-членом Европейского Союза

Это с сайта посольство Литвы:
https://ru.mfa.lt/ru/konsulskaya-informatsiya/glavnaya-konsulskaya-informatsiya/vezd-inostrantsev-v-litovskuyu-respubliku/187

А окончательный ответ вам дадут в Swissport в аэропорту Пафоса