Подскажите, пожалуйста, перелет из РФ в Ларнаку, через Ереван, виззэйром. Паспорт РФ. Я правильно понимаю, что нельзя воспользоваться транзитным переходом в обход пограничного контроля и не покинуть чистую зону, потому что нужно попасть на стойки регистрации для проверки визы и распечатки посадочного?

Правильно.