Вообще так делать не положено, потому что для лоукостеров онлайн регистрация обязательна, а пассажир не сможет по вине агента ее пройти

Они делают её бесплатно... Но н едают возможность докупить на прямую.

Если сами делают, то ок. А докупить не давать возможность - это как раз нормально, такова политика партии (лоукостеров) в отношении агентских билетов. Вот если агент и pnr не выдал, и сам не зарегистрировал - вот тогда плохой агент