Подскажите, рейс Ларнака -Лиссабон Aegean единый билет пересадка 45 мин с багажом - это норм, подождут в случае чего, или слишком мало времени?

Теоретически норм, но есть вероятность что багаж не успеет. И если вы не успеете - долго ждать будет следующего.