На всякий-всякий. Правильно понимаю, что текущая практика рейса Пафос-Афины-Стамбул (Aegean) позволяет без шенгена лететь? т.е. кипрского резиденства + единый билет - ОК? Факультативно обратный рейс Стамбул-Афины (Турецкие авиалинии), Афины-Пафос (Aegean) купленный как единый билет тоже ок?

Да, всё ок. Главное покупать на прямую у Aegean.