Может ли гражданин Кипра получить российскую визу на Кипре, а въехать в РФ через другую страну ЕС (не транзитом)? Допустим, прилететь в Финляндию, побыть там несколько дней, а потом поехать наземным транспортом в Питер.

Да, может. Но стоимость PCR в Финляндии очень не понравится :)