Подскажите если в Каире при пересадке в 18 ч. Не дадут отель, можно будет забрать паспорт, оплатить визу и самой уехать в отель?

Да

Даже если отель дадут, лучше добираться до него своим ходом. Ну и паспорт у вас не должны нигде забирать