И правда ли что если в паспорте будет отметка о прилёте из аэропорта северного Кипра на таможне Южного могут потом не пропустить на въезд?

Не только не пропустить, это "незаконный переход границы". Нужна виза (закреп) и лететь через третью страну - Греция, Ливан, Египет и т.д.

Я имела ввиду что если один раз прилететь из Турции на территорию северного Кипра прямым рейсом, а в дальнейшем прилететь на южный из России или любой другой страны Могут ли быть проблемы на въезде с таким штампом в истории ?

один раз прилететь из Турции на "северный" Кипр - и есть незаконный переход границы с т.зр. Республики Кипр

Спасибо!

Таможня проверяет товары Если вы товар, то да