В Каире негде ждать транзита. Транзитная зона очень маленькая. А в зону вылета пустят только за 4 часа. Поэтому лучше купить визу, выйти в город. И переждать в отеле. Повторный пцр сдавать не нужно

а из транзитной зоны в отель при аэропорту можно попасть без выхода в город?

Нет, это не Доха - там нет отелей в транзите